MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Caldicellulosiruptor kristjanssonii 177R1B plasmid pCALKR01

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014719	GTACA	2	10	28	37	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_014719	AGT	2	6	77	82	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014719	T	6	6	1529	1534	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014719	AT	3	6	1535	1540	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014719	AG	3	6	1583	1588	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014719	A	6	6	1591	1596	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014719	GA	3	6	1704	1709	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014719	AATA	2	8	2436	2443	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014719	TA	4	8	2458	2465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014719	TAAA	2	8	2504	2511	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014719	AGT	2	6	2544	2549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014719	GGAAA	2	10	2554	2563	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014719	A	6	6	2597	2602	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014719	A	6	6	2648	2653	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014719	AG	3	6	2871	2876	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014719	GA	3	6	2877	2882	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014719	TAA	2	6	3593	3598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014719	AAG	2	6	3605	3610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014719	AC	3	6	3648	3653	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_014719	T	6	6	3668	3673	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014719	AGC	2	6	3726	3731	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_014719	GGAGA	2	10	3733	3742	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014719	GGCA	2	8	3744	3751	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_014719	TA	3	6	3801	3806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014719	GTT	2	6	3811	3816	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014719	AATG	2	8	3861	3868	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014719	GAT	2	6	3877	3882	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014719	T	6	6	3889	3894	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014719	TC	3	6	3916	3921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_014719	TAA	2	6	3972	3977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014719	CAA	2	6	4035	4040	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_014719	A	6	6	4039	4044	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014719	GA	3	6	4105	4110	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014719	GTA	2	6	4114	4119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014719	ATT	2	6	7279	7284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014719	ATT	2	6	7291	7296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014719	AAAAGA	2	12	7846	7857	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014719	TCAA	2	8	9090	9097	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_014719	GAT	2	6	9118	9123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014719	GAA	2	6	10315	10320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014719	AAG	2	6	10327	10332	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014719	A	6	6	10931	10936	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014719	TTA	2	6	10968	10973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014719	CCT	2	6	11802	11807	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_014719	GTTA	2	8	11809	11816	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014719	CAA	2	6	11903	11908	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_014719	TCA	2	6	11950	11955	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014719	AGC	2	6	12091	12096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_014719	TAAA	2	8	12159	12166	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014719	CAG	2	6	12189	12194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_014719	GAT	2	6	12203	12208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014719	AGT	2	6	12296	12301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014719	CCTT	2	8	12308	12315	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_014719	ACC	2	6	12328	12333	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_014719	T	6	6	12438	12443	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014719	TAA	2	6	12457	12462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014719	CAG	2	6	12476	12481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014719	TTG	2	6	12493	12498	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014719	CTG	2	6	12531	12536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_014719	GTA	2	6	12562	12567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014719	TAG	2	6	12568	12573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014719	AGT	2	6	12641	12646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014719	ACT	2	6	12677	12682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_014719	T	6	6	12692	12697	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014719	CAT	2	6	12708	12713	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_014719	ACTGG	2	10	12728	12737	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_014719	AT	3	6	12904	12909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014719	AAT	2	6	12923	12928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014719	AGTT	2	8	13070	13077	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014719	AAC	2	6	13191	13196	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_014719	GA	3	6	13309	13314	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014719	T	6	6	13346	13351	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014719	ACC	2	6	13377	13382	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_014719	AT	3	6	13436	13441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014719	CAA	2	6	13455	13460	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_014719	TGTA	2	8	13744	13751	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014719	A	6	6	13766	13771	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014719	AGGAAA	2	12	14009	14020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014719	A	7	7	14144	14150	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014719	GGT	2	6	14238	14243	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014719	TAT	2	6	15340	15345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014719	TAAAA	2	10	15359	15368	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014719	GAA	2	6	15373	15378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014719	GA	3	6	15427	15432	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014719	TTTA	2	8	15458	15465	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014719	AAT	2	6	15591	15596	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014719	AGA	2	6	15602	15607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014719	CAG	2	6	15611	15616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_014719	AGGTTA	2	12	15618	15629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014719	AGT	2	6	15658	15663	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014719	AGA	2	6	15675	15680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014719	CAGTAG	2	12	15689	15700	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_014719	ACA	2	6	15773	15778	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_014719	GCA	2	6	15795	15800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_014719	GAA	2	6	15809	15814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014719	AAG	2	6	15877	15882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014719	CAG	2	6	15927	15932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_014719	AGT	2	6	15955	15960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.